隨著超濾膜組件工作時間的延長，超濾膜污染會不斷加重，超濾膜的透水速率會下降，為了恢復膜的通量，需要定期對膜組件進行化學清洗，化學清洗時應根據原水中雜質的情況選擇合適的化學藥品。
常用清洗方法
常用清洗方法，超濾膜在使用后，由于分離物質及其他雜質在膜表面會逐漸積聚，對膜造成污染和堵塞，膜的有效清洗是延長膜使用壽命的重要手段。常用的清洗方法有化學清洗、物理清洗兩大類。
(一)物理清洗法
等壓清洗法：即關閉超濾水閥門，打開濃縮水出口閥門，靠增大流速沖洗膜表面，該法對去除膜表面上大量松軟的雜質有效。
高純水清洗法：由于水的純度增高，溶解能力加強。清洗時可先利用超濾水沖去膜面上松散的污垢，然后利用純水循環清洗。
反向清洗法：即清洗水從膜的超濾口進入并透過膜，沖向濃縮口一邊，采用反向沖洗法可以有效的去除覆蓋面，但反沖洗時應特別注意，防止超壓，避免把膜沖破或者破壞密封粘接面。
(二)化學清洗法
利用化學藥品與膜面雜質進行化學反應來達到清洗膜的目的
酸溶液清洗：常用溶液有鹽酸、檸檬酸、草酸等，調配溶液的PH=2~3，利用循環清洗或者浸泡0.5h~1h后循環清洗，對無機雜質去除效果較好。
堿溶液清洗：常用的堿主要有NaOH ，調配溶液的PH=10~12左右，利用水循環操作清洗或浸泡0.5h~1h后循環清洗，可有效去除雜質及油脂。
氧化劑清洗劑：利用1%~2%H2O2、 300~1000mg/L NaClO 等水溶液清洗超濾膜（不同材質膜元件作不同選擇），可以去除污垢，殺滅細菌。H2O2和NaClO是常用的殺菌劑。
加酶洗滌劑：如0.5%~1.5%胃蛋白酶、胰蛋白酶等，對去除蛋白質、多糖、油脂類污染物質有效。
選擇化學藥品的原則：
1、不能與膜及組件的其他材質發生任何化學反應。
2、選用的藥品避免二次污染。
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