MBR預處理的目的是有效預防MBR膜的污染、降低膜的清洗頻率，提高膜的使用壽命。通常污水在進入膜池前設置相應合理的預處理。
截留污染物
為了防止有可能損傷MBR膜的物質進入，尤其是生活污水中含有大量的細小纖維屑、毛發類、塑料殘片等，通常污水在進入膜池前設置0.5～1mm回轉式機械格柵（建議0.5mm），以截留細小纖維、毛發類、塑料殘片等物質。
PH調節
當原水為酸性或堿性時，需要調節PH至合理的PH范圍內。當處理工業廢水的原水中含有較高濃度的鈣、鎂離子時，應根據實際情況適當增大生化停留時間，并將反應器設置為推流式，膜池一般置于水流方向的最末端，且膜池內廢水PH宜維持在偏酸性，以盡量減少其在膜表面結垢。
油脂類
動植物油≤15mg/L；
礦物油≤3mg/L。
對含有油脂類物質的原水需進行氣浮等工藝，控制水中油脂類含量，油脂（正已烷提取物）>50mg/L時，則需要進行氣浮或隔油等預處理；若原水中含有礦物油，由于礦物油難以降解，會帶給膜絲更惡劣影響，因此，礦物油含量超過5mg/L時，需進行預處理，使其含量降低到3mg/L以下，以確保MBR穩定運行。
水溫
用一般活性污泥法進行生物處理時，為達到良好的處理效果，曝氣池內的水溫最好保持在15～40℃。原水溫度超過40℃，會造成生化反應性能下降（特別是硝化菌引起的硝化反應，易受水溫的影響）；低溫會影響生化反應速度，建議水溫控制在15～35℃，水溫過高或過低，需設置原水降溫或升溫系統。
鈣鎂離子
當原水中含有較高濃度的鈣、鎂離子時（工業廢水），應根據實際情況適當增大生化停留時間，并將反應器設置為推流式，膜池一般置于推流池的最末端，以盡量減少其在膜表面結垢。并且在實際使用過程中應著重對簾式膜進行酸洗。
BOD負荷
如果在BOD負荷過大的高負荷狀態下運轉，容易造成膜絲堵塞，請調整為適合的負荷，BOD污泥負荷為 0.05～0.15 (kgBOD/kg活性污泥·d)（標準值為0.07）。
其他
原水中含有影響生化反應的物質時，如氰化物、六價鉻等重金屬類，需首先進行除害處理。
原水為工業系統排水的情況下，根據原水的水質，有時需要進行中和處理和凝聚沉淀分離處理等預處理。詳細情況請咨詢本公司有關人員。
活性污泥濃度
建議MBR系統運行時控制MLSS值的最佳范圍為：5000～10000mg/L，最低值為3000mg/L, 最高值為12000mg/L。
當初期試運轉時，接種污泥的MLSS 濃度低于3000mg/L 時，在進行正常運轉之前，應使得膜過濾通量的設定比設計通量低（3L/m2·h以下），這樣操作可以充分保護膜組件，降低清洗頻度，延長使用壽命。
建議在系統設計時，設計足夠的回流量，以確保膜池內污泥濃度與好氧池濃度保持一致，建議膜池的回流量≥300%。
活性污泥粘度
建議活性污泥粘度控制在＜30Pa·s之內。
隨著污泥濃度MLSS上升，污泥粘度會上升，MBR膜曝氣擦洗效果降低，特別是當MLSS超過12000mg/L后，污泥粘度會急劇上升；另外，即使MLSS相同，原水與污泥的性質不同，粘度也會不同。
MLSS濃度下限值為3000mg/L，如果低于此限值，BOD-MLSS負荷會升高，有機物降解不充分，甚至會引起膜的跨膜壓差急劇上升。
在試運行開始時，MLSS值會低于3000mg/L，此時膜過濾通量要低于正常運行時的通量，直到MLSS值升至適應范圍，再穩定膜通量。
Q初始（參考值）=Q設計×MLSS濃度(當前)/MLSS濃度(設計)
生物處理
a) 溫度：用一般活性污泥法進行生物處理時，為達到良好的處理效果，曝氣池內的水溫最好保持在15～35℃。
b) 活性污泥狀態不良或MLSS值偏離最佳值時，未處理的有機物等在過濾時附著在膜表面，使膜孔容易堵塞。此時，請把膜過濾通量設定得比設計值低（3L/m2·h以下），減輕膜的負荷后運轉。用活性污泥進行生物處理的效果是膜穩定運轉的必要條件。膜過濾前要先確認通過活性污泥進行生物處理是否處于良好的穩定運轉狀態。
c) 在按照標準過濾通量再次運轉時，請先確認利用活性污泥的生物處理是否恢復到了良好的穩定運轉狀態。優良運轉的活性污泥，是以絲狀菌為骨架由球狀菌組成的菌膠團，污泥沉降較快，沉降后上清清澈透明，不混濁。
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